Fue Secretario General de la Procuraduría, Presidente de la Universidad Distrital de Colombia, Profesor Universitario, viceministro de Justicia, Ministro de Justicia encargado, Magistrado de la Corte Suprema de Justicia y presidente de la Sala Constitucional.​ El magistrado Gaona fue conocido por emblemáticas decisiones relacionadas con limitaciones al poder policial, control constitucional a las fuerzas armadas, separación de  los poderes,  la autonomía de los jueces y por la inmutabilidad constitucional de la Corte Suprema.  ​Enfrentó a los carteles de narcotraficantes en Colombia. Debido a su lucha por la constitucionalidad del Tratado de Extradición entre Colombia y los Estados Unidos, es considerado por muchos, el cerebro de su interpretación jurídica. Esta situación lo  enfrentó directamente con Pablo Escobar, jefe del Cartel de Medellín.​ Gaona muere siendo magistrado de la Corte Suprema de Justicia.  Antes de su muerte tuvo a cargo el caso sobre las torturas a la médica y guerrillera del M-19, Olga López y otros casos como el fallo contra la reforma judicial del gobierno de Julio César Turbay, que proponía juzgar civiles a través de la Justicia Penal Militar.​ ​​Su asesinato aún no ha sido esclarecido y se habla de que este magistrado al igual que Carlos Oracio Urán salieron con vida del Palacio de Justicia y fueron ejecutados extraducialmente por miembros del ejército después de la Toma.